San Zoilo de Córdoba
fue un mártir, la tradición dice que murió en una persecución contra los
cristianos el año 304. Mucho después (el año 613) y de manera milagrosa se
localizó su tumba y su cuerpo fue objeto de veneración.
Una de las familias
más poderosas en el territorio de Carrión de los Condes a finales del siglo X
(en aquella época en plena repoblación y conocido como Santa María) fueron el
condes del linaje Banu Gómez que tenían su origen más al norte, en la Montaña
Palentina. Posiblemente ya en aquella época los Banu Gómez ya poseían un cenobio
familiar en este lugar, pero la primera noticia que se dispone del monasterio es
del 1047, aunque las fuentes documentales son inciertas. Era conocido en aquel
momento como San Juan de la Puente.
Esta advocación aún estaba vigente el
1051, pero durante una incursión militar en Córdoba en la que participó un
miembro de la familia condal, este volvió con el cuerpo del mártir san Zoilo.
Las reliquias fueron depositadas en el monasterio de San Juan, lo que motivó el
cambio de advocación.
En 1057 murió el conde y el monasterio quedó bajo la protección de su viuda, que ante su situación y de la decadencia en que posiblemente se encontraba el establecimiento entró en contacto con los cluniacenses para que se hicieran cargo del monasterio. En 1076 se llegó a un acuerdo con Cluny y en 1080 los primeros monjes llegaron a San Zoilo.